В сериале Секретное вторжение зрители становятся свидетелями одного из самых опасных периодов в истории человечества. Бывший директор Щ.И.Т.а Ник Фьюри вынужден вернуться из добровольного изгнания, когда понимает, что Земле угрожает новая, практически невидимая опасность. Вместе со своим старым союзником Талосом, лидером дружественных скруллов, он пытается предотвратить катастрофу глобального масштаба.
Секретное вторжение рассказывает о том, как инопланетная раса скруллов, обладающая способностью принимать облик любого человека, проникла во все уровни власти по всему миру. Никто не может быть тем, кем кажется - ни политики, ни военные, ни даже близкие друзья. Фьюри оказывается в ситуации, где доверять нельзя практически никому, а цена ошибки может оказаться гибелью всего человечества.
В этом шпионском триллере границы между друзьями и врагами стираются, а каждый шаг может оказаться фатальным. Фьюри и Талос вынуждены действовать в тени, не имея официальной поддержки и ресурсов, полагаясь лишь на собственную интуицию и многолетний опыт. Их миссия - раскрыть заговор, который угрожает изменить будущее планеты навсегда.